건강증진 기금은 1995년 9월 1일 국민건강증진법 제정과 더불어 설치되었다.
국민 기금의 조성은 1997년부터 시작되었으며, 주요 조성 재원은 담배에 부과하는 국민건강증진부담금과 기금의 운용 수익금이다.
국민건강증진부담금은 1997년부터 2002년 1월까지 1갑 당 2원, 2002년 2월부터 1갑 당 150원이었으며 2005년부터 담뱃값이 인상되면서 1갑당 354원의 국민건강증진 부담금이 부과되고 있다.
이 기금은 고령화 및 생활양식의 변화로 인한 암, 고혈압, 당뇨 등 만성질환 예방과 노인 건강관리 사업, 구강건강, 에이즈 예방, 정신건강, 취약계층 건강관리 등 건강증진 및 질병예방 사업, 금연 교육·홍보, 청소년 흡연 예방 등 금연 사업 등에 쓰여진다.
또한 국민의 직접적인 건강생활 실천을 유도하기 위한 영양관리, 절주, 운동관리사업, 건강한 식습관 형성을 위한 영양관리 사업 및 엄마젖 먹이기 대국민 홍보사업, 올바른 성 인식을 위한 청소년 성교육 및 취학 전 아동의 실명예방 사업, 건강증진 정책 수립을 위한 조사 연구 사업, 국민건강보험재정 안정을 위한 건강보험급여비 등에도 사용될 계획이다.
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